Az alkalmazás-vírusok megváltoztatják a programokat. Ha egy program fertőzött, többnyire hibátlanul dolgozik. A fertőzést gyakran csak később lehet észlelni, ha a funkciót aktiválja.

Egy példa: a MIX-1 vírus megzavarja a szövegek és grafikák másolását egy nyomtatón. A "Tisztelt Hölgyeim és Uraim" a nyomtatásban kb. így néz ki: "Vistelt Kolygim es Hurim".

Ezek után a számítógépet már nem lehet üzleti levelezésre használni. Pedig ez a vírus még a legártalmatlanabbak közé tartozik. Más fajták törölhetik egy vállalat egész ügyfél-adattárát. Ha nem helyeztük az adatokat előzőleg biztonságba, adott esetben nem tud a vállalat tovább működni. Még végzetesebb lehet a dolog, ha a vírusok egy kórház adattárát semmisítik meg. Ha ott megsemmisülnek életfontosságú gyógyszer-bejegyzések, akkor a páciens élete nincs biztonságban.