A pénzintézetek az online banki ügyintézéshez különböző biztonsági szabványokat kínálnak, amelyekről Önnek is előzőleg mindenkor informálódnia kell. A legtöbb szabvány esetében kiegészítő infrastruktúrára van szükség - például chipkártya-leolvasó készülékre.

A bankok által alkalmazott kapcsolatokat ma általában az SSL útján kódolják. A legtöbb bank ezenkívül alkalmaz egy felhasználói interfészt is, amely egy kiegészítő kódolásról gondoskodik. Németországban online banki ügyintéző szabványként a HBCI-re építenek. 2002 óta ezt a szabványt átnevezték FinTS-re és tovább fejlesztették, A FinTS ill. HBCI különböző lehetőségeket kínál az azonosításra: a biztosítás többnyire a PIN/TAN-rendszer útján történik. A felhasználó számlaszámán kívül egy személyi azonosító számot (PIN) is megad, hogy hozzáférhessen adataihoz. Forgalmazni azonban csak egy tranzakciós szám (TAN) megadásával lehet, amely mindenkor csak egy üzleti tevékenység elvégzésére jogosít fel. Hazánkban még nincs egységes online bankügyintéző szabvány. Vannak bankok, amelyek a HBCI/FinTS-t használják, vannak amelyek saját megoldást alkalmaznak.

Alternatívaként lehetséges az online banki ügyintézés biztosítására a chipkártya. Ez a módszer nagyon magas biztonsági szintet enged meg, mert mind az ügyfél azonosítása, mind az adatátvitel biztosítása megvalósul. Még, ha a hozzáférési jelszavakat a számítógépben tárolják is, akkor sem ér semmit a támadóknak a jelszavakhoz való hozzájutás, mert a számlához való hozzáféréshez a chipkártyára is szükség van. A felhasználónak szüksége van mindenesetre ehhez egy saját szoftverre és egy chipkártya-leolvasóra is.