Három fertőzési mód létezik:

• a számítógép indításakor (boot),
• programok elindítása útján (.exe, .com, stb.)
• fertőzött dokumentumok útján

A fertőzési módok aszerint különböznek, hogy egy vírus hogyan ragad meg egy programban.

Például sok vírus saját programkódját függeszti egy fájl végére, és a kezdetnél egy mutatót tesz a kódra. Ha elindítjuk ezt a programot, akkor az eredeti funkciója helyett először a vírusprogramot fogja lefuttatni. Ha ezt megtette, visszaugrik arra a helyre, ahol a program futtatása abbamaradt. Így még csak nem is veszik észre, hogy a program egy pillanatra mást csinált. A vírus ettől a pillanattól kezdve a még nem fertőzött adatokat keresi, hogy azokat is megtámadhassa.